Introduktion
Detta projekt leds av professor Helene Norder (Göteborgs universitet, GU), i samarbete med anställda vid Göteborgs universitet och Sahlgrenska Universitetssjukhuset (Hao Wang, Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Fredy Saguti och Kristina Nyström). Avloppsvattenprover insamlas av Lucica Enache vid Ryaverkets avloppsreningsverk, Gryaab AB, Göteborg.
Data och visualiseringar på denna sida uppdateras veckovis.
Insamlingsplatser för avloppsvatten
Ingående avloppsvattenprover insamlas från Ryaverkets avloppsreningsverk (eng. waste water plant WWTP) i Göteborg. Insamling av avloppsvattenprov startade 10 februari 2020 (vecka 7). Ryaverkets avloppsreningsverk samlar in avloppsvatten från mer än 790,000 invånare samt även från närliggande industrier. Avloppsvatten samlas även in från invånare och industrier inom närliggande områden som exempelvis Ale, Härryda, Kungälv, Lerum, Mölndal och Partille, samt från smältvatten från äldre delar av Göteborg. Mängd avloppsvatten från hushåll ligger på samma nivå över året, men den totala mängden avloppsvatten kan variera över året beroende på väderlek (högre luftfuktighet ger större mängd avloppsvatten). För mer information om uppsamling av avloppsvatten, veckor, volym avloppsvatten och flöde se Wang et al. (2022).
Visualiseringar
Källskod som används för att skapa grafen: Källskod.
Kommentarer från forskargruppen
Kommentar:
Dataset
Kontakt: helene.norder@gu.se
Nedladdning av data: Quantification of SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater. Resultat finns tillgängliga för mängd SARS-CoV-2 från vecka 7 2020 (ett mindre uppehåll under vintern 2022-2023) , och för enterovirus från vecka 2 2023. Data uppdateras veckovis.\
För att citera datasetet: Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. https://doi.org/10.17044/scilifelab.22510501.
För att citera metoden som används: Saguti, F., Magnil, E., Enache, L., Churqui, M.P., Johansson, A., Lumley, D., Davidsson, F., Dotevall, L., Mattsson, A., Trybala, E., Lagging, M., Lindh, M., Gisslen, M., Brezicka, T., Nystrom, K. and Norder, H. (2021). Surveillance of wastewater revealed peaks of SARS-CoV-2 preceding those of hospitalized patients with COVID-19. https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620.
Wang, H., Churqui, M.P., Tunovic, T., Enache, L., Johansson, A., Karmander, A., Nilsson, S., Lagging, M., Andersson, M., Dotevall, L., Brezicka, T., Nystrom, K. and Norder, H. (2022). The amount of SARS-CoV-2 RNA in wastewater relates to the development of the pandemic and its burden on the health system. https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000.
Metoder
Insamling av avloppsvatten sker genom en fast insamlare som samlar in 30ml avlopps vatten per 10,000m3 av inkommande avloppsvatten. För analys veckovis poolas sju prover (varje avloppsvatten prov representerar insamling under ett dygn). Veckoprovet består av 1.5-15l avloppsvatten (beroende av flödet) som skickas till Klinisk Mikrobiologi vid Sahlgrenska Universitetssjukhuset för analys. Analys sker på måndagen i veckan efter provinsamling.
På Klinisk Mikrobiologi, koncentreras virusmängd genom en metod utvecklad på laboratoriet till en volym av 2.5ml. Denna metod använder NanoCeram electropositive filter (Argonide, Florida, USA) för att koncentrera prover, följt av ultracentrifugering som sekundär metod för att koncentrera prover (Saguti et al., 2021). Nukleinsyror extraherades därefter från ett 1ml koncentrerat prov med hjälp av QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, Hilden, Germany). Realtids-PCR (RT-qPCR) användes för att detektera den RNA-beroende RNA polymerase (RdRP) regionen på SARS-CoV-2. Alla körningar innehöll en positiv kontroll bestående av en seriellt utspädd plasmid (Eurofins Genomics, Ebersberg, Germany). Nukleasfritt vatten används som negativ kontroll. Ct-värden från qPCR användes för att kvantifiera mängd SARS-CoV-2 genom i provet. En detaljerad beskrivning av hur mängd SARS-CoV-2 beräknas finns i Saguti et al. (2021). Den relativa virusmängden i avloppsvatten beräknades genom att dela mängd viralt genom i prover med mängd SARS-CoV-2 genom i ingående mängd avloppsvatten vecka 11 (mitten av mars) 2020. Prover från alla följande veckor har innehållit detekterbara SARS-CoV-2 genom.